La sede del Centro ISIDE è ubicata nel comune di Prignano Cilento (Sa), in località Piano della Rocca, in un'area di valore paesaggistico e naturalistico, al confine del Parco Nazionale del Cilento e Vallo di Diano.

L'edificio in cui è ospitato il Centro ISIDE si sviluppa su due piani ed è inserito nel parco creato a valle della diga di Piano della Rocca sul fiume Alento.

Il piano terra ha prevalentemente funzione di rappresentanza e ospita:

• una sala congressi;
• una mensa con relativa cucina.

Il primo piano è stato invece concepito per ospitare gli uffici di una società di servizi avanzati e realizzato ad arte per tale scopo. Esso comprende:

• una sala dedicata all'acquisizione e alla gestione dei dati;
• una sala che ospita gli operativi dedicati ai servizi di ingegneria;
• un laboratorio di ricerca;
• un magazzino per le attrezzature e le strumentazioni;
• sette uffici;
• un archivio e una sala riunioni;
• tre locali per ospitare i collaboratori esterni.